In der Welt von Loveless haben alle Kinder von Geburt an Katzenohren und einen Katzenschwanz. Diese verlieren sie, wenn sie ihre Unschuld verlieren.

Der 14-jährige Ritsuka trifft an seinem ersten Schultag an seiner neuen Schule den 20-jährigen, "erwachsenen" (also katzenohrlosen) Soubi, der sich als Freund seines ermordeteten Bruders Seimei ausgibt. Soubi nähert sich Ritsuka auf relativ unverhohlene Weise, doch ihr Treffen wird unterbrochen, als ein Junge und ein Mädchen, die ebenfalls Ritsuka suchen, Soubi und Ritsuka in einen "Kampf der Worte" verwickeln. Im Verlauf der Geschichte werden Soubi und Ritsuka, die fortan als Team von "Waffe" (Soubi) und "Sacrifice" (Ritsuka) zusammenarbeiten, immer wieder von immer mächtigeren Gegenern angegriffen, während sich parallel dazu die Charakterhandlungen entwickeln.

So erfährt man, dass Ritsuka vor zwei Jahren plötzlich seine Erinnerungen an sein bisheriges Leben verloren hat und er seitdem von seiner Mutter misshandelt wird, was seit Seimeis Tod noch an Intensität zugenommen hat. Er hat deswegen auch regelmäßige Therpiesitzungen bei einer Psychologin und ist sehr fixiert darauf, alle seine Begegnungen auf Fotos festzuhalten, für den Fall dass der "alte" Ritsuka wiederkommt und diesem Ritsuka dann Jahre seines Lebens fehlen.

Ritsuka ist seitdem auch sehr verschlossen und tut sich schwer, Freundschaften zu schließen, lediglich seine Klassenkameradin Yuiko schafft es durch Hartnäckigkeit, seine errichteten Barrieren zu durchbrechen und sich mit ihm anzufreunden. Im Verlauf der Geschichte wird Ritsuka etwas offener, doch er droht immer wieder an der Gewalt seiner Mutter zu zerbrechen, während er auch von außerhalb auch in verwirrende Ereignisse hineingezogen wird. So wird ihm gesagt, dass eine Organisation namens "Sieben Monde" Seimei getötet hätte, jedoch wird später Seimeis Verbindung zu Sieben Monde immer unklarer, bis zuletzt auch Seimeis Tod als Lüge enttarnt wird.

Soubi nähert sich Ritsuka auf eine Weise, die von vielen Gegnern der Serie als sexuell eingestuft wird (so küsst er Ritsuka bereits bei ihrem ersten Treffen), jedoch ist unklar, ob er sexuelles Interesse an Ritsuka hat (was er abstreitet!) oder ob er Ritsuka emotional an sich binden möchte, um Ritsuka für seine eigenen Zwecke benutzen zu können.

In die Handlung sind viele Symboliken eingeflochten, deren genaue Funktion noch nicht geklärt ist. Die "Waffen" und "Sacrifices" haben üblicherwiese den selben "wahren Namen", der sich auf ihren Charakter oder ihr Schicksal bezieht. Seimei ist ein Sacrifice mit dem Namen "Beloved" (Englisch: "geliebt"), während sein Bruder Ritsuka den Namen "Loveless" (Englisch: "ohne Liebe") trägt. Wenn Waffen und Sacrifices mit unterschiedlichen Namen zusammenarbeiten ist das für sie ein Nachteil im Kampf, jedoch ist Soubi als "namenlose" Waffe nicht so stark von diesem Nachteil betroffen.